Tutte le linee che iniziano per ';' o '#' (opzionalmente preceduto da un numero qualsiasi di spazi o tabulazioni) sono considerate commenti ed ignorate; è possibile aggiungere commenti anche tra due parti di una linea interrotta:

PRINT ABS(DIV(MUL(PIGRECO, 25), \
      ; I commenti sono ammessi all'interno di una riga spezzata
              MUL(CX, ABS(CY)))

La scelta del carattere '#' permette (sui sistemi che ammettono questa notazione) di eseguire direttamente il file .prt mediante invocazione implicita dell'interprete, in questo modo:

#!/usr/bin/proteus [parametri]

L'interprete è invocato sul file stesso e, poiché la linea inizia per '#', viene ignorata nell'analisi del programma.

Poiché alcuni sistemi operativi scartano tutti i caratteri dopo il 32° nella riga #! e alcuni parametri potrebbero, in questo modo, non venire passati correttamente, Proteus provvede ad interpretare i parametri ogni volta che incontra una riga con questo formato. In questo modo, è possibile indicare solo i flag indispensabili nella prima riga ed aggiungere gli altri parametri in una riga successiva, in questo modo:

#!/usr/bin/proteus [parametri indispensabili]
; I parametri sulla riga seguente non sono passati sulla linea di comando,
; ma interpretati durante la compilazione
;!proteus [altri parametri]

Ciò è utile anche qualora il proprio sistema ammetta un unico parametro nella linea #! (sebbene molti flag possano essere concatenati in un unico parametro).